מֵידָע

28.6: כלים וטכניקות - ביולוגיה


טכניקות ללימוד יחסי אוכלוסין

ישנן מספר שיטות שונות לחקר יחסי אוכלוסייה עם נתונים גנטיים. גם אם תוצאות המחקר נכונות, הן גם אינן ודאיות.

השיטה השנייה לניתוח קשרי תת-אוכלוסייה היא אשכולות גנטיים. ניתן ליצור אשכולות באמצעות מוצא מוגדר עצמי [1] או מאגר הנתונים של STRUCTURE. [3] בשיטה זו נעשה שימוש יתר ויכולה להתאים יתר לנתונים; הרכב מסד הנתונים יכול להטות את תוצאות האשכולות.

עם זאת, ההתקדמות הטכנולוגית ואיסוף הנתונים הפיקו מערכי נתונים גדולים פי 10,000 מבעבר, כלומר ניתן להפריך את רוב הטענות הספציפיות על ידי קבוצת משנה מסוימת של נתונים. כך שלמעשה מודלים רבים שחזויים על ידי פילוגניה והגירה או מקבצים גנטיים יופרכו בשלב מסוים, מה שיוביל לבלבול רחב של תוצאות. פתרון אחד לבעיה זו הוא שימוש במודל פשוט המביא הצהרה שהיא שימושית כאחד ויש לה פחות סיכויים לזייף.

חילוץ DNA מעצמות ניאנדרתל

בואו נסתכל איך אתם ממשיכים למצוא ולרצף DNA של שרידים עתיקים. ראשית, עליך להשיג דגימת עצם עם DNA מניאנדרטל. ה- DNA האנושי וה- DNA הניאנדרטלי דומים מאוד (אנו דומים להם יותר מאשר לשימפנזים), כך שכאשר רצף קריאות קצרות עם DNA ישן מאוד, אי אפשר לדעת אם ה- DNA ניאנדרטלי או אנושי. המערה שבה נמצאו העצמות מסווגת לראשונה כאדם או לא אנושי באמצעות אשפה או כלים כמזהה, מה שעוזר לחזות את מקור העצמות. גם אם יש לך עצם, עדיין לא סביר שיש לך DNA שניתן להציל. למעשה, 99% מרצף הניאנדרטלים מגיע משלוש עצמות ארוכות בלבד שנמצאו באתר אחד: מערת Vindija בקרואטיה (5.3 Gb, 1.3x כיסוי מלא).

לאחר מכן, ה- DNA נשלח למעבדת DNA עתיקה. מכיוון שהן עצמות בנות 40,000 שנה, נשאר בהן מעט מאוד DNA. אז הם נבדקים לראשונה לאיתור DNA. אם הם מוצאים DNA, השאלה הבאה היא האם מדובר ב- DNA פרימטי? בדרך כלל מדובר ב- DNA מחיידקים ופטריות החיים באדמה ומעכלים אורגניזמים מתים. רק כ- 1-10% מה- DNA על עצמות ישנות הוא ה- DNA של הפרימטים. אם מדובר ב- DNA פרימטי, האם זה זיהום מהאדם (ארכיאולוג או מעבדה טכנולוגית) המטפל בו? רק אחד מכל 600 bp שונה בין בני אדם לדנ"א של הניאנדרטלים. גודל הקריאות מדגימת עצם בת 40,000 שנה הוא 30-40 bp. הקריאות כמעט תמיד זהות לאדם ולניאנדרטלי, ולכן קשה להבחין ביניהן.

במקרה אחד, 89 תמציות DNA נבדקו לאיתור DNA של הניאנדרטלים, אך למעשה רק 6 עצמות בוצעו ברצף (דורש חוסר זיהום וכמות מספיק גבוהה של DNA). תהליך אחזור ה- DNA דורש קידוח מתחת לפני השטח של העצם (למזער זיהום) ולקיחת דגימות מבפנים. לשלוש העצמות הארוכות ניתן היה להשיג פחות מ -1 גרם אבקת עצם. ואז ה- DNA ברצף ומיושר לגנום השימפנזים הפניה. הוא ממופה לשימפנזה במקום לאדם מסוים מכיוון שמיפוי לאדם עלול לגרום להטיה אם אתם מחפשים לראות כיצד הרצף מתייחס לתתי אוכלוסיות אנושיות ספציפיות.

הממצאים המוצלחים ביותר היו במערות גיר קרירות, בהן יבש וקר ואולי מעט בסיסי. הסיכוי הטוב ביותר לשימור מתרחש באזורי פרמפרוסט. מעט מאוד DNA ניתן לשחזור מהאזורים הטרופיים. באזורים הטרופיים יש שיא מאובנים גדול, אך הרבה יותר קשה להשיג DNA. מכיוון שרוב העצמות אינן מניבות מספיק או טוב DNA, למדענים יש את דגימות המסך שוב ושוב עד שבסופו של דבר הם מוצאים טוב.

הרכבת DNA עתיק

ל- DNA המופק מעצמות הניאנדרטל יש קריאות קצרות, בערך 37 bp בממוצע. ישנם הרבה חורים עקב מוטציות הנגרמות כתוצאה משחיקת ה- DNA. קשה לדעת אם רצף הוא תוצאה של זיהום מכיוון שבני אדם וניאנדרטלים נבדלים רק באחד מתוך אלף בסיסים. עם זאת, אנו יכולים להשתמש בפגיעה ב- DNA האופיינית לדנ"א העתיק כדי להבחין ב- DNA ישן וחדש. ל- DNA ישן יש נטייה לשגיאות C עד T ו- G עד A. שגיאת C עד T היא ללא ספק השכיחה ביותר, והיא נראית בערך 2% מהזמן. עם הזמן, קבוצת מתיל נדחקת מ- C, מה שגורם לה להידמות ל- U. כאשר PCR משמש להגברת ה- DNA לרצף, הפולימראז רואה U ומתקן אותו ל- T. על מנת להילחם בשגיאה זו. , מדענים משתמשים באנזים מיוחד שמזהה את ה- U, וחותך את הגדיל במקום להחליף אותו ב- T. זה עוזר לזהות אתרים אלה. מוטציות G עד A הן תוצאה של ראייה על הגדיל הנגדי.

גודל השבר הממוצע קטן למדי, ושיעור השגיאות הוא עדיין 0.1% - 0.3%. אחת הדרכים להילחם במוטציות היא לציין כי על שבר תקוע כפול, ה- DNA מרופט לכיוון הקצוות, שם הוא הופך להיות תקוע יחיד לכ -10 bp. נוטים להיות שיעורי מוטציות גבוהים בעשרת הבסיסים הראשונים והאחרונים, אך DNA באיכות גבוהה במקומות אחרים, כלומר יותר מוטציות C עד T בהתחלה ו- G עד A בסוף. בשימפנזים, המוטציות השכיחות ביותר הן מעברים (פורין לפורין, פירימידין לפירימידין) וההעברות נדירות בהרבה. אותו דבר לגבי בני אדם. מכיוון שהמוטציות G ל- A ו- C ל- T הן מעברים, ניתן לקבוע כי ישנן כ -4 פעמים יותר מוטציות ב- DNA הניאנדרטלי הישן מאשר אם היו טריים על ידי ציון מספר המעברים הנראים לעומת מספר המעברים שנראו (על ידי השוואת הניאנדרתל ל- DNA של בני אדם). להמרות יש שיעור התרחשות יציב למדי, כך שהיחס עוזר לקבוע כמה טעויות התרחשו באמצעות מוטציות C ל- T.

כעת אנו מצליחים לגרום לזיהום אנושי של ה- DNA החפץ להגיע לסביבות ( text {i} 1 \%). כשמביאים את ה- DNA, ברגע שהוא מוסר מהעצם הוא מקודד עם תג של 7 bp. תג זה מאפשר לך להימנע מזיהום בכל שלב מאוחר יותר בניסוי, אך לא מוקדם יותר. החילוץ מתבצע גם בחדר נקי עם אור UV, לאחר שטיפת העצם. DNA מיטוכונדריאלי מועיל להבחין כמה אחוזים מהדגימה מזוהמים ב- DNA אנושי. ה- DNA המיטוכונדרי מלא באתרי אירועים אופייניים מכיוון שבני אדם וניאנדרטלים הם מונופילוגניים הדדיים. ניתן למדוד את הזיהום על ידי ספירת היחס בין אותם אתרים. ב- DNA הניאנדרטלי, זיהום היה קיים, אך הוא היה ( text {¡} 0.5 \%).

ברצף, שיעור השגיאות גבוה כמעט תמיד משיעור הפולימורפיזם. לכן, רוב האתרים ברצף השונים מבני אדם נגרמים על ידי טעויות רצף. אז אנחנו לא יכולים ללמוד בדיוק על הביולוגיה הניאנדרתלית באמצעות הרצף שנוצר, אבל אנחנו יכולים לנתח SNPs מסוימים כל עוד אנחנו יודעים לאן לחפש. ההסתברות לשינוי SNP מסוים עקב שגיאה ברצף היא רק ( frac {1} {300} ) ל- 11000, כך שניתן עדיין להשיג נתונים שמישים.

לאחר יישור רצפי השימפנזים, הניאנדרטלים והמודרניים המודרניים, נוכל למדוד את המרחק מהניאנדרטלים לבני אדם ולשימפנזים. המרחק הזה הוא כ -12.7% בלבד מרצף ההתייחסות האנושי. מדגם צרפתי מודד מרחק של כ -8% מרצף ההתייחסות, ובושמן כ -10.3%. מה שזה אומר הוא שה- DNA הניאנדרטלי נמצא בטווח השונות שלנו כמין.


4 תצוגות מים

תהליך זה הוא המקום בו הפעולות הניתנות ברשימת הפעילויות, התפוקה של התהליך הקודם 6.2 הגדירו פעילויות, מנותחות כדי לראות מי מהן צריכה לבוא באופן הגיוני לפני אחרות. ישנן שלוש טכניקות בסיסיות, שיטת דיאגרמת קדימות (PDM), קביעת תלות ואינטגרציה, והוספת לידים ופיגורים בין פעילויות לפי הצורך. הכלי הבסיסי של תהליך זה הוא מערכת מידע לניהול פרויקטים או PMIS (כגון Microsoft Project).

6.3.2 פעילויות רצף: כלים וטכניקות

6.3.2.1 שיטת דיאגרמת קדימות (PDM)

שיטת דיאגרמת העדיפות מייצגת פעילויות על ידי תיבות הנקראות צמתים. אם פעילות מסוימת באה באופן הגיוני לפני פעילות אחרת שהיא תלויה בה, אז היא נקראת פעילות קודמת. ולהיפך, אם פעילות מסוימת מגיעה באופן הגיוני לאחר פעילות אחרת בלוח זמנים, הרי שזו נקראת פעילות ממשיכה. זוהי הטכניקה הבאה, קביעת תלות ואינטגרציה, שיכולה לעזור לקבוע אילו פעילויות מחוברות באופן הגיוני באופן זה.

זהו החלק של התקדמות “ של השיטה. החלק הבא של התרשים מגיע לאחר מכן, כאשר הפעילויות מיוצגות על ידי תיבות מלבניות הנקראות צמתים. צמתים אלה מקושרים לאחר מכן בהתאם לסוג התלות או הקשר ההגיוני ביניהם.

ישנם ארבעה סוגים של מערכות יחסים לוגיות בין קודם לפעילות ממשיכה. שניים הם מערכות יחסים סדרתיות, כאשר הפעילויות נעשות בזו אחר זו. שניים הם מערכות יחסים מקבילות, כאשר הפעילויות חופפות חלקית בזמן.

עם ארבעת הייעודים הבאים המורכבים משתי האותיות “F ” (עבור “finish ”) ו- “S ” (עבור “start ”), האות הראשונה מתייחסת לפעילות הקודמת והשנייה מכתב מתייחס לפעילות העוקבת.

  • Finish-to-start (FS) – זהו הסוג הנפוץ ביותר של מערכות יחסים לוגיות, כאשר פעילות ממשיכה לא יכולה להתחיל עד שהפעילות הקודמת הסתיימה.
  • Finish-to-finish (FF) – זהו הסוג הנפוץ הבא של מערכת יחסים לוגית, שבה פעילות ממשיכה לא יכולה להסתיים עד שהפעילות הקודמת תסתיים. עם זאת, הפעילויות יכולות לחפוף בזמן. הדוגמה המשמשת במדריך PMBOK® היא המקום בו עליך לסיים את כתיבת המסמך (הפעילות הקודמת) לפני שתוכל לסיים את עריכתו (הפעילות המחליפה). עם זאת, לאחר שתכתוב כמה עמודים מהמסמך, תוכל להתחיל לערוך את הדפים האלה לפני שתמשיך לכתוב את שאר המסמך, כך שהכתיבה ועריכת המסמך עלולים להתרחש בחפיפה בזמן.
  • Start-to-Start (SS) – זהו הסוג הנפוץ הבא של מערכת יחסים לוגית, שבה לא תוכל להתחיל פעילות ממשיכה עד שהתחילה הפעילות הקודמת. הדוגמה המשמשת במדריך PMBOK®, הפעילות של פילוס הבטון (פעילות המחליפה) אינה יכולה להתחיל עד שמתחילה בסיס יסוד (פעילות ממשיכה). למרות שאתה יכול להתחיל ליישר את הבטון שכבר נשפך בקטע אחד של היסוד בזמן שנשפך קטע אחר של היסוד, לא ניתן ליישר בטון לפני שנשפך.
  • התחלה-לסוף (SF) – זהו הסוג הפחות נפוץ של מערכות יחסים לוגיות, כאשר פעילות ממשיכה לא יכולה להתחיל עד שהתחילה הפעילות הקודמת. זה משמש לעתים רחוקות מאוד, למרות שהדוגמה המשמשת במדריך PMBOK® היא שמערכת חדשה חייבת חייבים (פעילות ממשיכה) חייבת להתחיל בהצלחה לפני שהמערכת הישנה של חובות חשבונות ישנה (פעילות קודמת).

6.3.2.2 קביעת תלות ואינטגרציה

התלות בין הפעילויות יכולה להתאפיין בתכונות מסוימות, חלקן אינן סותרות זו את זו. תלות יכולה להיות א) חובה או שיקול דעת, וב) חיצונית או פנימית.

  • תלות חובה – תלות הנדרשות משפטית או חוזית או טבועות באופי העבודה.
  • תלות ושיקול דעת ותלויות הניתנות באמצעות שיטות מומלצות כלליות בתחום יישום מסוים.

תלות בשיקול דעת אינן נקבעות באבן ” כפי שתלות החובה. זה חשוב מכיוון שניתן לשנות אותם במידת הצורך, ואילו לא ניתן לשנות תלות חובה.

להלן הסט השני של תכונות הדדיות.

  • תלות חיצונית ותלות#8211 שבדרך כלל נמצאות מחוץ לשליטת צוות הפרויקט
  • תלות פנימית ותלות#8211 שבדרך כלל נמצאות בתוך השליטה של ​​צוות הפרויקט

התלות הפנימית הנמצאת בתוך בקרת צוות הפרויקט משתנה לפיכך בקלות רבה יותר במידת הצורך בהשוואה לתלות חיצונית.

הפניה היא פרק הזמן שניתן לקדם פעילות ממשיכה ביחס לפעילות קודמת. הובלה של שבועיים לפעילות ממשיכה פירושה שאפשר להתחיל אותה שבועיים לפני סיום הפעילות הקודמת.

השהיה היא פרק הזמן שניתן לעכב פעילות יורשת ביחס לפעילות קודמת. עיכוב של שבועיים בפעילות ממשיכה פירושו שניתן יהיה להתחיל אותה רק שבועיים לאחר סיום הפעילות הקודמת.

אם תרצה לראות שאלת בחינה לדוגמה הכוללת את שיטת דיאגרמת העדיפות, כולל לידים ופיגורים, תוכל לעבור לפוסט הבא שעשיתי בבדיקת המהדורה החמישית של מדריך PMBOK®.

6.3.2.4 מערכת מידע לניהול פרויקטים (PMIS)

זוהי תוכנת התזמון שבה אתה משתמש כדי לסייע ברצף הפעילויות (כגון Microsoft Project או Primavera).


לס AM. ניתוח רצפים באוצר או ביולוגיה מולקולרית או במרדף טריוויאלי. מגמות Biochem Sci. 198813 (10): 410. https://doi.org/10.1016/0968-0004(88)90198-3.

Park YM, et al. מנוע החיפוש EBI: חיפוש EBI כשירות - הנגשת נתונים ביולוגיים לכולם. חומצות גרעין Res. 201745 (W1). https://doi.org/10.1093/nar/gkx359.

Möller S, et al. ביולוגיה חישובית מונעת קהילתית עם דביאן לינוקס. BMC ביואינפורמטיקה. 201011 (S12). https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-s12-s5.

אוקונור BD, ואח '. The Dockstore: מאפשר שיתוף מודולרי וממוקד בקהילה בכלים ובזרימות עבודה מבוססות Docker. F1000 מחקר. 20176: 52. https://doi.org/10.12688/f1000research.10137.1.

מערכת: גיליון שרת האינטרנט השנתי ה -16 של חומצות הגרעין השנתיות 2018. חומצות גרעין Res. 201846 (W1). https://doi.org/10.1093/nar/gky518.

Artimo P, et al. ExPASy: פורטל משאבי ביואינפורמטיקה של SIB. חומצות גרעין Res. 201240 (W1). https://doi.org/10.1093/nar/gks400.

איסון ג'יי, ואח '. רישום כלים ושירותי נתונים: מאמץ קהילתי לתעד משאבי ביואינפורמטיקה. חומצות גרעין Res. 201544 (D1). https://doi.org/10.1093/nar/gkv1116.

איסון, ג'ון ואחרים. "EDAM: אונטולוגיה של פעולות ביואינפורמטיות, סוגי נתונים ומזהים, נושאים ופורמטים." ביואינפורמטיקה, כרך. 29, לא. 10, 2013, עמ '1325–1332., Doi: https: //doi.org/10.1093/bioinformatics/btt113.

Farnham A, et al. חוקרי קריירה מוקדמת רוצים מדע פתוח. הגנום ביול. 201718 (1). https://doi.org/10.1186/s13059-017-1351-7.

איסון ג'יי, ואח '. אוצר קהילתי של תוכנות ביואינפורמטיות ומשאבי נתונים. תדריכי ביואינפורמטיקה (מקובל). https://doi.org/10.1093/bribio/bbz075.

Wise J, et al. יישום ורלוונטיות עקרונות נתוני FAIR ב- R & ampD. סמים דיסקוב היום. 2019. https://doi.org/10.1016/j.drudis.2019.01.008.

Palmblad M, et al. הרכב זרימת עבודה אוטומטי בפרוטאומיה המבוססת על ספקטרומטריית המונים. ביואינפורמטיקה. 201835 (4): 656–64. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty646.

Brancotte B, et al. ויזואליזציה אינטרנטית הניתנת לשימוש רב פעמי לעיון באונטולוגיה של EDAM ולתרום לה. תוכנת קוד פתוח. 20183 (27): 698. https://doi.org/10.21105/joss.00698.

Doppelt-Azeroual, Olivia, et al. "ReGaTE: רישום של כלי גלקסיה בסם." GigaScience, כרך 6, לא. 6, 2017, doi: https: //doi.org/10.1093/gigascience/gix022.

לפרוסט, פליפה דה ויגה ואח '. "BioContainers: מסגרת קוד פתוח ומונעת על ידי הקהילה לתקינה של תוכנה." ביואינפורמטיקה, כרך. 33, לא. 16, 2017, עמ '2580–2582., Doi: https: //doi.org/10.1093/bioinformatics/btx192.

וויליגהגן, אגון וג'ונתן מלוס. "המרה אוטומטית של OpenAPI ל- bio.tools." 2017, הדפסה מוקדמת ב- doi: https: //doi.org/10.1101/170274.

Hillion K-H, et al. שימוש ב- bio.tools ליצירת והערות של תיאורי כלי שולחן עבודה. F1000 מחקר. 20176: 2074. https://doi.org/10.12688/f1000research.12974.1.

אפגן E, et al. פלטפורמת הגלקסיה לניתוחים ביו -רפואיים נגישים, ניתנים לשחזור ושיתוף פעולה: עדכון 2018. חומצות גרעין Res. 201846 (W1). https://doi.org/10.1093/nar/gky379.

Linden M, et al. שירות ELIXIR נפוץ לאימות חוקרים ואישורם. F1000Res. 20187: 1199. https://doi.org/10.12688/f1000research.15161.1.

Larcombe L, et al. תפקיד ELIXIR-UK בהכשרות ביואינפורמטיות ברמה הלאומית וברחבי ELIXIR. F1000 מחקר. 20176: 952. https://doi.org/10.12688/f1000research.11837.1.

Mcquilton P, et al. BioSharing: סטנדרטים של מטא נתונים, מאגרי מידע ומדיניות נתונים במדעי החיים שאוצרו ומקורם. מאגר מידע. 20162016. https://doi.org/10.1093/database/baw075.

איסון ג'יי, ואח '. רישום bio.tools של כלי תוכנה ומשאבי נתונים למדעי החיים. מאגר Github. 2019. https://github.com/bio-tools/biotoolsRegistry. גישה לאוגוסט 2019.


כלים חדשים למניפולציה של הביולוגיה

האנזים אניון-π מורכב מקופקטור ארני דל אלקטרונים (ייצוג מקלות אפורים) המוטמע בתוך חלבון (מוצג כמשטח)

הכימיה סיפקה כלים וטכניקות מפתח רבות לקהילה הביולוגית בעשרים השנים האחרונות. כעת אנו יכולים לייצר חלבונים שאמא טבע לא חשבה עליהם, לדמיין חלקים ייחודיים של תאים חיים ואף לראות תאים בבעלי חיים חיים. השבוע ב- ACS Central Science, שלוש קבוצות מחקר עצמאיות מאוניברסיטת ז'נבה (UNIGE) ואחת מאוניברסיטת באזל (UNIBAS) לוקחות את ההישגים האלה צעד אחד קדימה, ומדווחות על התקדמות הן בייצור חלבונים והן כיצד ניתן לראות את הישגיהם. דפוסי ביטוי בבעלי חיים חיים.

חלבונים הם סוסי העבודה של כל תא. הם מורכבים מאבני בניין הנקראות חומצות אמינו המקושרות ומתקפלות יחד למכונות פונקציונאליות כדי להניע כל תהליך סלולרי מרכזי. כדי לבצע משימות אלה, הטבע מסתמך על עשרים גושים אלה יחד עם כמה "גורמים משותפים" מיוחדים, לעתים קרובות ויטמינים. עם זאת, כימאים גילו דרכים חכמות להרחבת הרפרטואר של חלבון, הנדסה בחומצות אמינו או גורמים משותפים ממה שהייתם מוצאים בביולוגיה הטבעית. סטפן מאטיל, תומאס וורד ועמיתיו תכננו גורם מקדם חדש שהופך אינטראקציה חלבונית קלאסית הנקראת קטיון-Π, כלומר ייצוב מטען חיובי במישור מולקולרי עשיר באלקטרונים. הטבע משתמש באינטראקציות קטיון-this אלה כדי להכין מולקולות חשובות כמו סטרואידים, הורמונים, ויטמינים, פיגמנטים חזותיים או ניחוחות, כדי להעביר אותות במוח, לזהות אנטיגנים וכו '. באמצעות הקו-פקטור החדש והחלבון המלאכותי שהתקבל, קבוצות Matile ו- Ward שיתפו פעולה ליצירת האנזים הראשון "אניון-Π" שבו החלף אותו מישור מולקולרי עשיר באלקטרונים במישור דל אלקטרונים כדי לייצב שלילי ולא חיובי. מטען במהלך טרנספורמציה מולקולרית. במבחנה, חלבונים בעלי פונקציונליות חדשה זו הצליחו להעלות את הביצועים של זרזים אורגניים מסורתיים בתגובת תוספת חשובה אך נטויה עם סגוליות וסלקטיביות גבוהה. הם מאמינים שניתן להעביר את הגישה שלהם לעבודה בתאים ויכולים לעזור להפוך טרנספורמציות כימיות בלתי אפשריות כיום למציאות.

בינתיים, ניקולה ווינססינגר ומעבדתו זיהו את ההזדמנות להשתמש בתגובות כימיות כדי לדמיין mRNA בבעלי חיים חיים. כל החלבונים מגיעים מ- mRNA, כך שבעוד ש- DNA הוא תכנית החיים, mRNA מספקים את פקודות העבודה המוסדרות עוד יותר על ידי מיקרו-רנ"א. היכולת לראות אלה יכולה לספר לך הרבה על מה שקורה לתאים ובעלי חיים בזמן אמת. עם זאת, ישנם מעט כלים המאפשרים לך כעת לראות את ה- RNA בבעלי חיים חיים, וכאלה הקיימים מסתמכים בדרך כלל על אסטרטגיות גנטיות מסובכות. הצוותים של ווינססינגר וגונזלס-גייטאן תכננו תגובה-תבנית המניבה סמני ניאון ל- RNA ספציפי לעניין. הכימיה שלהם כה מתונה עד שהיא פועלת בעוברי דג זברה חיים מבלי להפריע להם, ומכיוון שאינה דורשת אורגניזמים מהונדסים גנטית, ניתן להתאים אותה במהירות למערכות אחרות. לבסוף, הם טוענים כי ניתן להרחיב את שיטתם לכיוון האבחון, שם תוכל לראות ולמקד טיפולים במקביל למיקום הבסיס המולקולרי של המחלה.